Coba dirunut lagi satu-satu mas,
Misalnya kalau tanpa mikrotik, client langsung ke server Win2003 utk dhcp, gateway dan domain, apa mapping share foldernya masih bermasalah juga..?
trus ini mappingnya berdasarkan hostname atau IP..?
Coba pingnya juga berdasarkan setingan mapping (by hostaname atau IP), jadi ping ke hostname dan IP dilihat apakah ada bedanya..?

Kita pingin tau dulu apakah masalahnya di server mikrotik atau emang settingan domainnya masih belum oke atau bisa juga kualitas kabelnya/switch/hub/lan card yang kurang oke, jadi ketika transfer file mulai batuk-batuk, tapi kalau cuma ping aja lancar jaya..

He..he...he banyak kemungkinannya ya.. memang dunia networking itu kadang gak pasti.. harus trial n errorr baru ketahuan masalahnya..
Karena ada banyak perangkat/faktor yang terlibat..
Ha..ha..ha.. jadi kayak birokrat gini bahasanya..